Les systèmes de refroidissement du switch S5860-20SQ, composés chacun de deux modules de ventilateurs, fournissent un flux d'air de l'avant vers l'arrière (l'air sort par l'arrière du switch) en fonction des modules de ventilateurs et des alimentations installés dans le switch.
Les modules de ventilation pour le switch S5860-20SQ sont des unités remplaçables sur place à chaud, il est possible de retirer et de remplacer le module sans interrompre le fonctionnement normal du switch.